Hoe mooi ook op zichzelf, de 6000 m2 grote ruimte moest na de oplevering nog wel zinvol worden gevuld. De discussies over het te voeren beleid resulteerden in een aanpak waarbij niet in de breedte maar in de diepte wordt verzameld, waarvoor een drietal grote tentoonstellingen per jaar de voedingsbodem leveren. Na de uitbreiding van het gebouw met een auditorium en een projectzaal in 2002 is hier een programma van kleinere solo-presentaties aan toegevoegd dat niet direct met de verzameling in verband staat.

Bij de opening beschikte De Pont over een tiental werken van slechts drie kunstenaars, maar daartoe behoorden al wel de kenmerkende stenen cirkel van Richard Long en The First People van Marlene Dumas. Het streven was en is om van elke kunstenaar in de verzameling ten minste één ‘sleutelwerk’ te verwerven dat de essentie van diens kunstenaarschap kan representeren. Dat dwingt tot het maken van scherpe keuzes en de verzameling is dan ook betrekkelijk langzaam gegroeid. Inmiddels bezit het museum zo’n 600 werken, waarvan meer dan helft fotografie of werk op papier betreft, van 69 kunstenaars. Een aantal van hen werd door De Pont in Nederland geïntroduceerd of had er zijn eerste grote tentoonstelling, onder wie Berlinde De Bruyckere, Thierry De Cordier, Anton Henning, Roni Horn, Anri Sala, Fiona Tan, Robert Therrien, Rosemarie Trockel, Luc Tuymans en Mark Wallinger. Ook voor de komende jaren blijft het beleid gericht op gestage uitbreiding van de verzameling, met voor elke beoogde aanwinst de conditie dat het een wezenlijke aanvulling vormt op en de ‘dialoog’ aan kan met de al in de collectie aanwezige werken.